Onderscheiden <em>E. coli</em>-isolaten met FTIR-clusteranalyse

Bij de aanpak van bacteriële infecties, zoals die veroorzaakt door E. coli, is het voor pluimveehouders belangrijk om te weten met welke bacteriestammen ze te maken hebben. Vaak is het aantonen van de aanwezigheid van een bacterie nog niet genoeg om de juiste keuzes voor een (auto)vaccin te maken. In ons laboratorium maken we gebruik van de Fourier-transform infrarood (FTIR)- spectroscopie om verschillende isolaten van E. coli binnen een uitbraak te onderscheiden.

Toepassing bij E. coli-uitbraken

E. coli is een veel voorkomende bacterie die in sommige gevallen ernstige problemen kan veroorzaken bij pluimvee. Uitbraken kunnen leiden tot een hoge sterfte binnen een korte tijd. Onderzoek heeft aangetoond dat bij een E. coli-uitbraak meerdere stammen (genotypen) betrokken kunnen zijn. Meerdere studies lieten ook een goede correlatie zien tussen E. coli-genotype en de FTIR-vingerafdruk van E. coli . Met de FTIR-clusteranalyse kunnen we snel bepalen of er sprake is van één of meerdere genotypen bij een uitbraak.

Optimaliseer E. coli-bestrijding met FTIR-Clusteranalyse

FTIR-clusteranalyse is een waardevol hulpmiddel om bij uitbraken van E. coli beter te begrijpen met welke bacteriestammen ze te maken hebben. De techniek maakt het mogelijk om isolaten van dezelfde bacteriesoort nauwkeurig te vergelijken en te onderscheiden, wat vooral van belang kan zijn bij terugkerende uitbraken of infecties waarbij meerdere stammen betrokken zijn.

Uit onderzoek blijkt dat er sprake kan zijn van kruisbescherming tussen verschillende E. coli-genotypen. Het advies is daarom om bij een uitbraak met meerdere genotypen, ook deze genotypen op te nemen in een autovaccin. De informatie van de FTIR-clusteranalyse is dan ook belangrijk om de juiste keuzes voor een (auto)vaccin te maken. Dit kan bijdragen aan een effectievere bestrijding van E. coli op pluimveebedrijven, met minder uitval en een betere gezondheid van het koppel als gevolg.

Voorbeeld praktische toepassing bij twee E. coli-uitbraken

Bij twee uitbraken van E. coli op pluimveebedrijven, waarbij meer dan 5 procent van de dieren binnen een week stierf, werd de FTIR-techniek ingezet om te achterhalen hoeveel bacteriestammen betrokken waren. In één geval bleek het om één specifieke E. coli-stam te gaan die verantwoordelijk was voor de uitval tijdens de uitbraak. In een ander geval toonde de analyse echter aan dat er drie verschillende stammen van E. coli actief waren ten tijde van de uitbraak. Deze informatie is belangrijk om de juiste keuzes voor een (auto)vaccin te maken.

FTIR-techniek E. coli bij pluimvee

Figuur 1: De FTIR-analyse bij één van de onderzochte bedrijven liet zien dat binnen één uitbraak één E. coli-stam verantwoordelijk was voor de meeste uitval

FTIR-techniek E. coli bij pluimvee

Figuur 2: De FTIR-analyse liet zien dat binnen één uitbraak verschillende E. coli-stammen aanwezig waren

Zoomfunctie

Onderscheiden E. coli-isolaten met FTIR-clusteranalyse

Toepassing bij E. coli-uitbraken

Optimaliseer E. coli-bestrijding met FTIR-Clusteranalyse

Voorbeeld praktische toepassing bij twee E. coli-uitbraken

Oude browser