GD werkt samen met Avans Hogeschool (Expertisecentrum Perspectief in Gezondheid), Producentenorganisatie Varkenshouderij (POV), De Varkenspraktijk, Provincie Noord Brabant, GGD en Faculteit Diergeneeskunde van Universiteit Utrecht aan een onderzoek naar zoönosen binnen de varkenshouderij.

GD heeft in 1990, 2010 en 2017 inventarisaties uitgevoerd naar de prevalentie van maagwandlaesies bij vleesvarkens en zeugen. In de periode 1990 tot 2017 blijkt geen sprake te zijn van een trend in een bepaalde richting m.b.t. de prevalentie van maagwandlaesies bij varkens.

De verspreiding van varkensgriep lijkt de afgelopen decennia te veranderen. Een consortium van Nederlandse kennisinstellingen, dierenartsen en bedrijfsleven heeft de krachten gebundeld om op eigen initiatief te onderzoeken hoe het varkensgriepvirus zich verspreidt op varkensbedrijven.